基金會(以下簡稱本會)最高權力機構為董事會，董事任期三年，第一屆董事由教育部商請有關機關代表、學術界人士及企業界捐助人士組成，以後每一屆董事均依本會捐助章程，由前一屆董事選舉產生。本會自第五屆董事會起設置監察人，監察人負責監督本會會務與稽核本會財務監察人由董事會選任，任期與董事同。本會總部辦事處設在台北市，由執行長綜理本會業務，並設二位副執行長。北美辦事處設主任一人，歸總會辦事處指揮，並接受北美分會主席之監督。本會組織系統請參閱附表。
本會設四個地區諮議委員會，國內、美洲、歐洲及亞太地區諮議委員會由國內外學術界人士共四十三位組成，由執行長召集，邀請各學科中傑出學者擔任，以協助本會審議申請補助案件。本會另聘顧問若干人，顧問係就國內外學術界及相關人士中聘請之，以備諮詢。
本會日常事務由總會辦事處與北美辦事處分別處理。
